svnでローカルファイル（ワークツリー）のファイルやディレクトリを削除する場合は、
OSのコマンド（ rmコマンド など）で削除しちゃだめです。
ファイルを手動で削除した場合、ファイルは無いけどSubversionとしては”管理下にあったはず”と混乱状態に陥るようです。svn deleateコマンドを使用しましょう。
コマンド
svn delete コマンドで削除します。
書式
svn delete pathこの、pathの部分は、ファイルパスはもろちん、ディレクトリパスを書いても大丈夫です。
↓
その後、svn commit することを忘れずに。
svn commit -m "不要なファイルを削除しました。" && svn up例
svn delete ./svn/example.com/public_html/gomi.htmlなお、上記のコマンドはsvnのディレクトリ（ワークツリー）の外からでも効く模様。
↓
svn commit -m "めっさつ。" && svn up
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