原因
新たなドメインの設定を
/etc/httpd/conf.d/
に用意したのにも関わらず、
証明書を用意していなかった（Let’s Encryptのcertbotしてなかった）為。
/etc/httpd/conf.d/配下のconfがIncludeされる順番は、
/etc/httpd/conf/httpd.confの中で、
Include conf.d/*.confと指定されていた場合、ASCIIコード順（ABC順）で読み込まれる模様。
そのため、新規追加してまだ証明書を取得していないドメインが一番最初に読み込まれ、後続で読み込まれるドメインにWebブラウザ経由でアクセスすると500エラーが発生していた。
対応
conf.d/ 配下のファイル名の冒頭にプレフィックスとして番号を付与した。
変更前：
hoge.com
fuga.com
sample..com
変更後：
1.hoge.com
2.fuga.com
3.sample..com
対応に寄与したポイント
httpd -Sというコマンドで、VirtualHostの解釈順を確認できたこと。
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